文字列から時差などを表す timedelta に変換する方法です。
コロンで分割して数値にし、timedelta 型に変換しています。
今回の例では microsecond まで含むので、数値は float 型にしています。
import datetime
str = "1:23:45.678900"
hours, minutes, seconds = map(float, str.split(":"))
td = datetime.timedelta(hours=hours, minutes=minutes, seconds=seconds)
print(td)
1:23:45.678900