Sphinx で作成したドキュメントを latexpdfja を使用して PDF に出力する際にエラーが発生しました。
ちなみに HTML には正しく変換できています。
かなりはまってしまったのですが、結論としてはとても単純で、機種依存文字をを使用していたのが原因でした。
Latex 経由で PDF に変換するため、機種依存文字を使っていると失敗するようです。
さらに言えば、PlantUML を使用して図を作成していたのですが、その図中でも機種依存文字を使用し、SVG で出力していたため、それもエラーの原因でした。