Git で pull や checkout を行おうとした際、以下のメッセージが表示されて実行できなかったことがありました。
fatal: Unable to create '/hoge/.git/index.lock': File exists. If no other git process is currently running, this probably means a git process crashed in this repository earlier. Make sure no other git process is running and remove the file manually to continue.
.git の中に index.lock があるので処理できないと言われています。
なので、とりあえずこれを手動で削除すれば実行できるようになるはずです。
しかし、私の場合、この現象が pull を途中で終了したことで起きるようになったせいか、中途半端にゴミのファイルが残ってしまい、いくるかのファイルの上書きができなくなって pull も checkout もできないままだったので、結局 clone し直しました。